Generalidades:
El sistema de archivos es más o menos "la forma de escribir los datos en el disco duro". El sistema de archivos nativo de Linux es el EXT2. Ahora proliferan otros sistemas de archivos con journalising (si se arranca sin haber cerrado el sistema, no necesitan hacer un chequeo sino que recuperan automáticamente su último estado), los más conocidos son EXT3, ReiserFS y XFS.

La estructura de directorios que sigue Linux es parecida a la de cualquier UNIX. No tenemos una "unidad" para cada unidad física de disco o partición como en Windows, sino que todos los discos duros o de red se montan bajo un sistema de directorios en árbol, y algunos de esos directorios enlazan con estas unidades físicas de disco. NOTA: Las barras en Linux al igual que en cualquier UNIX son inclinadas hacia la derecha, como se puede ver más abajo (ese es el motivo de que en internet sean inclinadas hacia la derecha ya que nació bajo UNIX y en Linux podremos aprovechar todas sus ventajas).

Principales Directorios:

Nombres de archivos en Linux
Los nombres de archivos en Linux (como en todos los UNIX) distinguen mayúsculas de minúsculas, esto es, son "case sensitive". Los archivos README, readme, REadme y rEadme por ejemplo son archivos distintos y por lo tanto al ser nombres distintos pueden estar en el mismo directorio.

En Linux los archivos no tienen por qué tener una extensión. La suelen tener a modo orientativo, pero no es en absoluto necesario. Linux sabe qué contiene cada archivo independientemente de cuál sea su extensión. Por comodidad, podremos llamar a todos nuestros archivos de texto con la extensión .texto, o a todos nuestros documentos con la extensión .documento, de esta manera, podremos luego agruparlos más fácilmente.

Los ficheros y directorios ocultos en Linux comienzan su nombre por un punto (.)

Los nombres de archivos o directorios pueden ser muy largos, de más de 200 caracteres, lo cual nos da bastante flexibilidad para asociar el nombre de un archivo a lo que contiene. No obstante, hay ciertos caracteres que nunca se deberían utilizar a la hora de nombrar un archivo. Uno de ellos es el espacio, nunca llamaremos a un fichero con un nombre que contenga un espacio. Tampoco son recomendados otros caracteres raros como signos de puntuación (a excepción del punto), acentos o la ñ. En algunos casos Linux ni siquiera nos permitirá usarlos. Los recomendables son las letras A-Z, a-z, los números (0-9), el punto, el guión (-) y el guión bajo (_) para nombrar un archivo. Los acentos y la ñ tampoco se recomiendan.

La guía me parece excelente, me aclaró muchas dudas, es justo lo que andaba buscando, muchas gracias Warp; saludos.